《新元史》的体例基本沿袭旧史，但也有一些改动。如本纪前增加一篇《序纪》，记述成吉思汗以前的史事，这同《金史》的本纪之前增加一篇《世纪》相仿。又如，在本纪的最后增加了元顺帝的儿子《昭宗纪》。 《新元史》的内容比《元史》充实，它补充了元世祖以前的蒙古史事。阿劭忞修《新元史》时，利用了《元朝秘史》和《元史译文证补》。
《新元史》中增补了许多列传，像元朝初年不肯降元的一些英雄志士，尤其是元末农民大起义中的领袖人物，如韩林儿、徐寿辉、张士诚、陈友谅等，《新元史》都为他们一一列传，详述他们的事迹。对宋元之交在历史上起过重要作用的人物，如夏贵，也增立了传。夏贵是南宋大将，他以淮西三府、六州、三十六县投降元军，牵动宋军全线溃败。入元以后，他靠出卖民族利益换取参知政事等㊟㊟，但时间很短，仅三年就死了。《宋史》以他是降元的官，没给他列传；《元史》以他在元朝没有事迹，也没为他立传。《新元史》考虑他在元宋战争中的重大作用，增补了《夏贵传》。这个传的增补，对向后世人进行民族气节教育，也很有意义。
此外，《新元史》对成吉思汗至蒙哥时期蒙古经营西域的内容、四大汗国盛衰兴亡的情况等，记载得也比《元史》详细。
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柯劭忞, 新元史