剧情简介：
　　与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，工藤大器升上了中学二年级。不知从何时起陪伴在身边的好友明里和善二郎等人已经不在，取而代之的是天野音音的弟弟—天野悠。「Xros Heart」以篮球队的名义继续存在着，队伍中有一名尊敬著大器学长的成员—明石激。一天，明石激被卷入了街上所发生的异变之中，工藤大器、明石激和天野悠等人的冒险之旅即将展开新的篇章！
主要角色：
工藤大器/工藤大树
本作男主角，13岁的中一学生（第三部以后为中二学生）。
父亲因职业赛车出国后与母亲两人独居。老实且爱帮助别人的性格，体格强韧，热心肠，一直是社团救兵，有着「怎么能抛开不管！」的口头禅。经常为了帮助他人而累垮。运动神经好的过头，往后跳能做出回旋式的后空翻，落地很远（54集在巴古拉身体里做出）。因为高吼兽的求救声而来到数码世界，顺便把当时他的两位朋友阳本明里跟剑善次郎也一起卷进数码世界，之后成为率领Xros Heart（交心）队伍的总指挥官，组合中心是高吼兽。第三期曾交代大器就读于东云东中学，中二学生，与同校的中一学生天野悠为了守护人类世界，指导仰慕并向想超越大器的数码兽猎人明石激狩猎数码兽。
名字的由来是“大器”=器量大的人。
阳本明里
本作女主人公，工藤大器的青梅竹马，喜欢工藤大器。
年纪比工藤大器小一岁，但由于是四姊弟的长女，个性十分精明懂事。对于大器的老好人性格有点无奈，非常了解工藤大器，却也经常受不了他。自称“大器的经纪人”，小学时代就帮其掌管社团活动，经常在大器累倒时适时出现给予急救。其那种的“适时”可说是默契到了连旁人都会赞叹的境界。第二期因为奥米加兽的力量只能送一个人回数码世界而与剑善次郎留守人类世界。巴古拉兽启动D5后，与剑善次郎一同受到了战斗暴龙兽和艾可萨兽的保护幸免于难，最终拯救了大器，拯救了世界。第三期时虽然升学，但进入邻镇的中学而非大器的学校。末期为了帮助大家被钟表行爷爷给予橘黄涩的Xros Loader，与多路路兽和萌萌兽等为队伍。
苍沼切羽/苍沼桐叶
名校艾莉特中学的中一学生，被巴古拉兽召唤到数码世界。
率领暴龙兽等数码兽，是Blue Flare（蓝色闪耀）的指挥官，父母因为亲戚朋友的背叛破产去世后，变的冷漠专横，不愿与别人合作，因为他害怕别人再次背叛他。一开始时经常使用不光彩的手段攻击敌人，但和工藤大器等人战斗和合作后处事方式逐渐改变。第三期前往美国并与机械暴龙兽重逢，其后环游世界独自调查数码晶界的事情。tv版76集中，因天野音音一句话而脸红，似乎喜欢天野音音。
天野音音/天野宁宁
女主二号，率领着谜之军团的神秘少女。
搭档是麻雀兽，目的是为了寻找最强的战士，不时在各方势力间予以插手。因为骷髅骑士兽需要黑暗力量让Darkness Loader苏醒，所以骷髅骑士兽以其弟弟作威胁，利用天野音音帮忙收集黑暗力量。在“Xros Heart”团队的理念感动下，在第24话正式加入为“Xros Heart”一员，悠的Xros Loader也从原本的黑色变成淡紫色，持有权转移到为音音身上。第三期时音音到香港发展演艺事业。tv版76集中，对于苍沼切羽的晚来，认为是耍酷。
剑善次郎
和工藤大器的同年级的同学，自称“永远的对手”。
擅长剑道，亦因家族工业起家对机械十分了解。不喜欢拐弯抹角。在剑道上败给临时的社团救兵、并自称外行人的大器，因而擅自认定他为劲敌。 此外喜欢可爱的女孩子。战斗时以星星兽组成的武器“星剑”发挥本领。自称“江东区最强的中学生剑道的男人”。第三期时转学到“邻镇的邻镇的中学”，状况不明。末期为了帮助大家被钟表行爷爷给予浅蓝色的Xros Loader，与弩机兽等为队伍。
天野悠
音音的弟弟，13岁的小六生（第三部以后为中一）。
骷髅骑士兽为了需要黑暗力量让Darkness Loader苏醒，把他作为人质用作威胁音音帮忙收集黑暗力量。于邪恶的死亡指挥官与七个王国篇，天野悠受控制成为了Twilight的新指挥官。但日后因不行兽战死的打击而醒悟，悔改并回到音音身边。后来因为仰慕大器，追随其进入大器与善二郎就读的中学。第三期大器跟悠为了守护人类世界，指导捕猎数码兽的同班同学明石激。第三期中曾多次救助洲崎爱琉。漫画版中并未登场。
明石激
本作第三期登场的新主角，和悠一起就读大器学校的同班同学。
加入大器、悠组成的“Xros Heart”三人篮球队，以超越大器为目标。在偶然的情况下进入了数码晶界，目睹了最上龙马等人进行狩猎的情况，同时与胶龙兽相遇，因同样想超越数码世界的国王（大器的搭档高吼兽）而志气相投成为伙伴。令人意外地擅长料理，喜欢吃御好烧。表面既冲动又粗线条，其实激也有着温柔的一面。因大器被龙马（被晶界兽操纵时）暗下毒手，而替代大器的的英雄位置，并成功捕获晶界兽。
最上龙马
第三期登场，持有Xros Loader的银发少年。
搭档数码兽为阿斯塔兽。与莲、爱琉组成猎人小组担任军师的角色。冷静慷慨总是面带微笑，不会因队友意见不合或狩猎成绩而打乱思考。似乎知道大器的事迹，并对新人激做某种程度的狩猎指导。是晶界兽（邪恶的存在）的伙伴，也就是最终boss，实际上被假装成阿斯塔兽的晶界兽操纵。
户张莲
第三期登场，龙马的队友，冷静的猎手。
搭档数码兽为德拉库兽。已拥有许多罕见数码兽。以捕获稀有数码兽为目的，但除此之外的都没有兴趣。为了捕捉稀有的数码兽而不惜伤害任何人。
洲崎爱琉
第三期登场，龙马的队友，视数码兽狩猎为乐趣的女孩。
搭档数码兽为负鼠兽。喜欢收集“卡哇伊”数码兽，以捕捉可爱的数码兽为狩猎目标，自称“可爱猎人”，性格非常自我中心，同时也擅长计策和陷阱。爱慕天野悠。
真下英秋
第三期登场，持有Xros Loader的东云区少年。
搭档数码兽为杜宾犬兽。希望在狩猎中储存足够的资金开章鱼烧店，对狩猎本身不感兴趣。
船桥贵一
第三期登场，激的同班同学。
与激一样被钟表行爷爷给予Xros Loader。成为数码兽猎人却不狩猎数码兽，只要和大家一起乘坐机车兽旅行。
钟表行老头
第三期登场，本名不明。
在隐蔽的“钟表行”工作的驼背老人，其助手为时钟兽。给予激、贵一等人新的Xros Loader以及数码狩猎的规则，来历用意皆不明。自身使用黑色的Xros Loader。片尾时用巴古拉兽的声音说“你们曾经从我手上保护了这个世界，所以我也想保护看看”。
各细节表现暗示其是巴古拉兽的转生。
水树
第三期登场，水树是个海底寻宝家。
搭档为潜鲨兽。探险海底寻找各种珍宝，后帮助时钟屋老爷爷寻找“勇士夺取者”的下落。
贵崎麻美
第三期时登场，激和悠的同班同学。
是悠的狂热粉丝，并与其他两名女同学组成悠的“亲卫队”，经常在悠面前抱怨激不懂得处事待人，不过私下还是很关心激。
制作说明：
片源：DIGI-STUDIO公布的片源，目前网络上最专业最细心的数码兽制作小组。
视频：10bits x264 ，采用MP4容器封装
音频：提取自DIGI-STUDIO的台配国语、粤语后，均采用MP3 64kbps CBR 48khz
字幕：提取自DIGI-STUDIO的字幕，作相应调整。
其他：首发网盘分享吧论坛。
视频截图：
分集名称：
第55话 我们是、数码兽猎人!
第56话 学生们消失了!晃动的沙悟兽之影
第57话 机器人部的梦想、木偶兽的诱惑
第58话 被盯上的优等生!  暴罗刹兽的微笑
第59话 我的可爱要小心!可爱猎人、爱瑠的陷阱!
第60话 数码兽剑道对决!小手兽的刀刃步步紧逼!!
第61话 好味烧恐慌!充满柏古兽的街道
第62话 数码兽狩猎欣欣向荣!数码猎手商业街巨鳄!!
第63话 被盯上的大器!超级瞩目明星的呐喊!
第64话 登陆香港!保护超美少女偶像!!
第65话 激浑身酥软!胶龙兽大危机!!
第66话 好吃？难吃？数码兽·拉面对决!
第67话 只属于孩子们的世界旅行!  梦幻的数码兽列车
第68话 猎人大㊟㊟!南方小岛的数码兽争夺战!
第69话 想要朋友？  菲利斯兽恶魔的约定
第70话 心跳恐怖体验!心灵猎人吼叫!!
第71话 像？不像？变装怪盗伪装兽
第72话 UFO·恐龙大㊟㊟!梦幻的绘师兽
第73话 海底大冒险!  寻找梦幻的财宝数码兽!
第74话 稀有卡片消失了!无敌的车棋兽
第75话 梦幻的游乐园、数码兽乐园!
第76话 黄金昆虫!美他力佛锹形虫兽之谜
第77话 今日揭开真相!数码兽捕猎的秘密!
第78话 传说中的英雄大㊟㊟!  数码兽全明星决战!!
第79话 燃烧吧激!光荣的数码兽狩猎!
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数码兽